一、根据《财政部国家税务总局关于金融企业涉农贷款和中小企业贷款损失准备金税前扣除有关问题的通知》（财税〔2015〕3号）第一条规定：“金融企业根据《贷款风险分类指导原则》(银发〔2001〕416号)，对其涉农贷款和中小企业贷款进行风险分类后，按照以下比例计提的贷款损失准备金，准予在计算应纳税所得额时扣除：  

(一)关注类贷款，计提比例为2%；  

(二)次级类贷款，计提比例为25%;  

(三)可疑类贷款，计提比例为50%；  

(四)损失类贷款，计提比例为100%。”  

二、根据《财政部国家税务总局关于金融企业贷款损失准备金企业所得税税前扣除有关政策的通知》（财税〔2015〕9号）第二条规定：“金融企业准予当年税前扣除的贷款损失准备金计算公式如下：  

准予当年税前扣除的贷款损失准备金=本年末准予提取贷款损失准备金的贷款资产余额×1%-截至上年末已在税前扣除的贷款损失准备金的余额。  

金融企业按上述公式计算的数额如为负数，应当相应调增当年应纳税所得额。”  

因此，贵公司涉农贷款减值损失准备金按上述文件规定扣除。